O jogo começa a luta do robô humanóide e personagem do jogador Mega Man contra o cientista louco Dr. Wily e os seis "Robot Masters" sob seu controle. Mega Man ' s jogabilidade não-linear permite ao jogador escolher a ordem em que para completar seus seis primeiros estágios . Cada um culmina em uma batalha de chefe contra um dos Robôs Mestres que concede ao personagem do jogador uma arma única. Parte da estratégia do jogo é que o jogador deve escolher cuidadosamente a ordem em que irá enfrentar os estágios para que possa ganhar as armas que serão mais úteis para os estágios futuros.

Os críticos elogiaram Mega Man por seu design geral, embora o jogo não fosse um sucesso comercial. Mega Man estabeleceu muitas das convenções de jogo, história e gráficos que definiriam as sequências, subséries e spin-offs subsequentes na franquia Mega Man . Desde então, o jogo foi incluído em compilações de jogos, relançado em telefones celulares e tornou-se parte dos serviços de emulação de console . Recebeu um remake 3D completo intitulado Mega Man Powered Up em 2006.

No ano de 20XX, robôs desenvolvidos para auxiliar a humanidade são comuns graças aos esforços do renomado designer de robôs Dr. Light . No entanto, um dia, esses robôs ficam fora de controle e começam a atacar humanos, entre eles seis robôs humanóides avançados criados pelo Dr. Light para fins industriais. Conhecidos como "Robot Masters", eles consistem em Cut Man, Guts Man, Ice Man, Bomb Man, Fire Man e Elec Man. O Dr. Light percebe que o culpado por esses ataques é seu antigo rival, o Dr. Wily , mas não tem certeza do que fazer. Seu robô ajudante, Rock, tendo um forte senso de justiça, se oferece para ser convertido em um robô lutador para impedir os planos do Dr. Wily, apelidando-se de Mega Man . Com o tempo, ele derrota os seis Robôs Mestres e recupera seus núcleos centrais, então confronta o Dr. Wily em sua fábrica de robôs baseada no Pacífico , onde ele está fabricando cópias dos robôs de Light. Depois de derrotar réplicas dos Robot Masters, bem como vários robôs projetados especificamente por Wily para derrotá-lo, Mega Man confronta Wily em um confronto final e o derrota antes de voltar para sua família.

O lançamento ocidental inicial do jogo, embora mantendo o mesmo enredo básico, mudou significativamente alguns detalhes do manual original em japonês. Nesta versão, o Dr. Light e o Dr. Wily (que é retratado como o ex-assistente do Dr. Light) co-criaram o robô humanóide Mega Man ao lado dos seis Robot Masters, cada um dos quais foi projetado para o benefício dos cidadãos de Monsteropolis (tal lugar não existia na trama original). Dr. Wily, irritado por Light assumir o crédito por seu trabalho e desejar usar suas criações para fins criminosos, rouba os Robôs Mestres e os reprograma, em seguida, cria seu próprio exército de robôs para assumir o controle de Monsteropolis e declará-lo seu próprio império pessoal. Dr. Light, horrorizado com a traição de Wily, envia Mega Man para destruir os Robot Masters e libertar Monsteropolis das máquinas de Wily